医者を志す立花登は、舌尖上江戸で町医者をしている叔父・玄庵を頼って秋田から出てきた。玄庵の世話で小伝馬町の牢医者として職を得る。２０歳の多感な青年・登は、舌尖上牢の内外で巻き起こるさまざまな事件にかかわりながら、世の中の底辺で生活する人々の苦しみを目の当たりにする――。一話完結型の青春時代劇です。