东京、炼金大阪、炼金京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
回复 :导游事业屡屡不顺的光头强偶然捡回丢失的缩小手电筒，为吸引游客他建造了一个微观乐园。正当他带着缩小后的两熊去体验微观乐园时突遇暴风雨，缩小手电筒意外丢失了……
回复 :丁丁看孙悟空大闹天空的动画片正起劲时，关掉电视机来到书桌前认真做起作业来，猴王不满丁丁不将他的精彩表演看完，从电视机里跳出来欲问个究竟，丁丁解释说每天都会按时做功课。猴王不懂何为做功课，丁丁又解释做功课是为学知识，知识就是科学，并讲科学的力量巨大。猴王一听不服，认为世间没有什么力量能大过他，说话间，他因棒打代表科学的“金钥匙”一个不小心进入一道化学工序的流程，幸亏丁丁及时出手，他才没被弄成肉酱。但猴王并没因此甘拜科学下风，丁丁为让他输得口服心服，带上“金钥匙”同他来到外面更为宽广的地方一比高低。
回复 :故事以凹凸学园的初中部与高中部为舞台，描写围绕着刚升入高一的新生——金与他身边的同学之间，轻松有趣的搞笑向日常生活。凹凸学园里有着形形色色性格各异、古怪却也不失可爱的学生，而本作采用平行式的单元小故事讲述，用萌系Q版人物、声优的诙谐演出及别具一格的画面效果，将最轻松真实的学园生活展现给观众。
