小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），亚洲和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，亚洲一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
回复 :在已被彻底探索殆尽的世界里，名为“深渊”的大洞是硕果仅存的秘境。这个深不见底、不知会延伸到何处的巨大垂直洞穴中，不仅栖息着各种稀奇古怪的生物，还沉睡着现今人类所做不出来的珍贵遗物。“深渊”那处处充满不可思议的神秘样貌，吸引人们前仆后继地前去冒险。渐渐地，大家开始将那些多次挑战大洞的冒险者们称为“探窟家”。孤儿莉可住在兴建于深渊四周的城镇“奥斯”，她梦想着将来要成为像她母亲一样伟大的探窟家，并一解深渊之谜。某天，她母亲莱萨的白笛被人发现，让莉可因此下定决心要潜入深渊的深处。她捡到的失忆机器人雷格，也为了寻找自己的记忆而决定与她同行。莉可在深界四层被穿珠的毒给侵蚀折磨，拯救她的是名叫娜娜奇的惨剧终末。娜娜奇加入之后，三个人便继续前往彭多尔多所在的深界五层冒险。在那里，他们遇见了一个自称普鲁修卡的女孩。由彭多尔多抚养长大的她对外界一无所知。普鲁修卡深深着迷于莉可的冒险故事，并希望能和莉可一起冒险，然而她却惨遭彭多尔多利用来做实验。不过后来普鲁修卡改变形体，变成莉可的白笛，与她一同朝深界六层“不归之都”前进。在那里有座“惨剧终末的村子”，那是拥有自己一套价值观的惨剧终末们所生活的地方。
回复 :繁华都市的夜晚，人头攒动的电车内突现古物，血腥屠杀后古物带着真奈（桥本爱 配音）逃跑，却被尾随而来的冷酷少女更衣小夜（水树奈奈 配音）斩杀。在此之后，两名少女连同另一组人马遭到“塔”的追击。以此为契机，小夜结识了殡藏人（神谷浩史 配音）、指挥官矢薙春乃（甲斐田裕子 配音）、松尾伊织（中村悠一 配音）、藤村骏（梶裕贵 配音）、月山比吕（花泽香菜 配音）等通过互联网走到一起的年轻人秘密组织Sirrut，他们的共同目标便是终结七原文人（野岛健儿 配音）的野心。陌生的搭档以及狡猾的对手，小夜的前路充满凶险……本片为同名动画的剧场版。
回复 :《明日方舟》衍生迷你剧《鲤氏侦探事务所》