继续延续上一季的剧情，亚州区原来穆德受了骗，亚州区及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
李秀
回复 :24岁的陈美如（卜冠今 饰）是一名网络信息监察员，性情孤僻古怪。生日那天，她唯一的死党姜蕙真（朱颜曼滋 饰）为她大肆张罗本命年派对，当晚她被一个古巴比伦扮相的男人缠住——他自称王子（凤小岳 饰），为爱她而生。陈美如以为是个恶作剧，直到“王子”说出自己的名字......陈美如五雷轰顶，被迫拾回不堪的少女记忆——英俊非凡、独爱自己的混血王子，倾国倾城、呼风唤雨的情敌公主（许玮甯 饰），王子的挚友、富可敌国的顶级富豪（王瑞昌 饰），都是她12岁时在日记中编造出的人物。日记里的剧情狗血幼稚，如今这三个人竟然组团出现在她生活中，难道……这帮“日记人”成精了？
回复 :讲述了儿时经历脑部手术失去情感神经的天才检察官黄时木（曹承佑 饰）8年来在腐败的检查厅内一直孤军奋战，直到某天一具诡异的尸体让他卷入了一场恐怖的连环杀人事件。裴斗娜饰演的女警韩汝真正义感十足，在经过严苛选拔进入核心重案组后便开始协助黄时木调查此案。
回复 :1609年，巴斯克地区。身为治疗师的三姐妹发现，由于国王亨利四世委托的恶魔学家皮埃尔·德·兰克雷法官的到来，她们的生命面临着危险。法官感到恐惧，并很快对妇女的自由和知识着迷，他将领导法国最致命的政治迫害之一。巴斯克陷入噩梦之中，我们的三姐妹发现自己必须以自己的方式进行战斗，以求生存……受到真实事件的自由启发。
