奈叶（田村由香里 配音）本是一位平凡的小学三年级女生，真探却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，真探投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上空，这不寻常的现象吸引了奈叶的注意。果不其然，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美 配音）的攻击，让奈叶没有想到的是，维塔竟然一下子就破坏了奈叶坚固的防御。所幸菲特及时出现，奈叶才幸免于难，而维塔的出现意味着，有一场阴谋正在秘密展开。
回复 :三岛春来（寺岛拓笃 配音）是一位非常平凡的高中一年级生，因为一本名为《人鱼的王子》的绘本而对游泳这项运动产生了兴趣，继而加入了学校的游泳部。实际上，春来一直默默的喜欢着名为真四季美春（神田沙也加 配音）的女孩，正是这个热爱读书的女孩给了他那本改变了他命运的绘本。本田塔羽（铃村健一 配音）是班级里公认的轻浮男，但实际上，在轻浮的外表之下，他的个性却反而非常的认真。三桥真珠（钉宫理惠 配音）是一位标准的优等生，在严格的家庭之中长大。命运让这两个性格截然相反的人相遇了，看着真珠的样子，本田感到内心里的感情正在不断地悸动。
回复 :全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。“从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
谢巧丹
回复 :在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
