柯南和小五郎等拉着大队，中文线来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，中文线大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :丁丁看孙悟空大闹天空的动画片正起劲时，关掉电视机来到书桌前认真做起作业来，猴王不满丁丁不将他的精彩表演看完，从电视机里跳出来欲问个究竟，丁丁解释说每天都会按时做功课。猴王不懂何为做功课，丁丁又解释做功课是为学知识，知识就是科学，并讲科学的力量巨大。猴王一听不服，认为世间没有什么力量能大过他，说话间，他因棒打代表科学的“金钥匙”一个不小心进入一道化学工序的流程，幸亏丁丁及时出手，他才没被弄成肉酱。但猴王并没因此甘拜科学下风，丁丁为让他输得口服心服，带上“金钥匙”同他来到外面更为宽广的地方一比高低。
回复 :故事发生在充满了浪漫气息的绸织高校，作为一名转学生，周围的一切对于青叶陆（宫野真守 配音）来说都充满了新奇。新的同学，新的老师，虽然有些奇怪但十分有趣的学校制度，即使有时候会被调皮的同伴恶作剧，但总的来说，陆在绸织高校的生活还是非常的快乐。对于高中生来说，校园恋爱是一项不可缺少的美好回忆，在学校里，陆认识了一群可爱的女孩子们。各方面都十分优秀的完美女孩天宫小百合（牧岛有希 配音），古灵精怪的运动型少女春日司（吉川友佳子 配音），个性沉默但内心单纯的弥生水奈（藤田咲 配音），徘徊在三个女孩之间，陆逐渐的迷失在了自己真正的心意之中。
回复 :东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
