柯南和小五郎等拉着大队，大太来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大太大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :以辣酱闻名全国的石垣岛，迎来了最不平凡的夏天。一座大桥即将在岛上修建，但是在提供了交通便利以及刺激当地经济发展的同事，不可避免会对小岛周围的珊瑚礁造成破坏。不同的立场和目的，让岛民们分成两派，他们展开激烈的辩论，但是谁也无法说服对方，大桥修建计划陷入僵局。而就在此时，环境省自然保护官矢岛隆（青柳翔 饰）来到小岛，他自然极力反对大桥的修建，而且甚至提出要建立一支“珊瑚护卫队”。矢岛的言论得到了反对派的拥护，同时也必将遭到拥护派的憎恶。接下来的日子里，矢岛和那些热爱小岛以及美丽大自然的年轻人联合起来，捍卫着石垣岛最引以为豪的自然景观。他们的护卫之路，也绝不可能一路平坦……
回复 :Callum一行人进行海洋之旅，继续寻找Aaravo的关押之处并阻止Claudia释放他。
回复 :故事穿越了多个不同的空间，从主角星猫所在的天神星到12星座战士的不同领地，空间的交换带动着整个故事情节的发展。
