故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，庵野神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，庵野“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上了旅途。个性开朗活泼可爱的西斯卡（水树奈奈 配音）、温文尔雅的龙威（上田祐司 配音）、成熟温柔的奇雅（铃木菜穗子 配音），三人来自于专门保护圣战天使的完全保护会，他们亦加入了库和蕾的队伍中去。