晴朗时节，黑衣江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、黑衣小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
回复 :小逸，一名梦想成为跳跃小子的少年。机缘巧合之下结识了跳跃战士-烈火骑士。在一次对抗反派势力搞事王的事件中，小逸与烈火骑士并肩作战，化解了搞事王所制造的城市危机，并从此结为了伙伴。此后小逸还认识了很多跳跃小子和其他的跳跃战士，并与他们结为了朋友，和烈火骑士也开始了以参加职业跳跃小子选拔为目标的训练，期间发生了很多有趣的事情。而搞事王也在频繁地制造麻烦，对城市的安全造成威胁，在烈火骑士的帮助下，小逸与朋友们携手作战，频频破解机关，化解危机，发生了一系列惊险的故事，最终他们依靠团结、努力、勇敢的友情力量打败了搞事王，成功拯救了城市！
回复 :多多是一个善良、聪明、勇敢的小男孩，他有一位擅长修理玩具的爷爷。爷爷和多多一样热爱玩具，经常帮助多多和其他小朋友修理破损的玩具。生日之际，爷爷送给多多一罐彩泥，多多将彩泥捏成一个可爱的罐头，而当星星闪烁的时候，罐头竟然变成了一个有生命的小精灵。
开心少女组
回复 :小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
